研究院机构设置主要依据人才引进、人力资源管理、技术研发与项目管理、技术转移与成果转化、人才培养等重点工作。主要包括综合办公室、科研管理部、财务与资产管理部、创新人才培养基地、创新科技研发中心、中试与产业化基地、石油化工研究室、绿色磷化研究室、生物医药研究室、化工装备与数字化研究室、分析检测中心等。
1．理事会 理事会是研究院的最高决策机构，设理事长1人、理事成员5人。理事会成员一般由建设双方共同组建，院长一般由合作高校指派资深专家担任，学校分管科研工作的副校长出任理事长，武汉工程大学科学技术发展院院长和拟选派荆门研究院的院长出任理事；主要职责是：决定研究院发展的战略方向；推动科学研究、成果转化、产业孵化、人才培养的政产学研密切结合，推动创新平台、创新要素和创新资源的开放共享；促进研究院的国际合作交流；制定和修订研究院理事会章程，审议研究院年度工作报告；协调、解决研究院发展过程中的其他重大问题。
2．院长 研究院设院长1人、副院长3人。院长由理事会聘任，代表研究院行使法人权利。主要负责研究院的研究方向、重点课题、人才引进等重要事项的决策。院长人选要具有较高学术声望、熟悉科研管理、研发水平高、组织协调能力强。院长根据工作需要，提名执行院长或副院长并报理事会聘任。副院长3人分别分管人才培养、科学研究和中试基地及产业孵化。研究院实行院长负责制，院长统筹研究院工作的开展，保障研究院人才培养、科研活动及产业孵化按照预设目标顺利进行。
3. 学术委员会 由校内外化工新材料研究领域具有较高威望和影响力的学者组成，主要负责评议研究院的工作计划审核、开放课题评审、研究方向指导、团队考核和研究成果评定等。
4. 管理服务平台 包括综合办公室、科研管理部、财务与资产管理部；主要负责研究院的日常行政事务、研究项目管理及研究院的财务管理工作，具体管理协调研究院各部门及建设运营，负责研究院绩效考核。
5. 创新科技研发中心 充分发挥武汉工程大学在化工新材料领域的科技实力和人才优势，设立石油化工研究室、绿色磷化研究室、生物医药研究室、新能源新材料研究室、化工装备与数字化研究室、分析检测中心，力争突破一批制约产业转型升级的关键核心技术，推动荆门市化工产业向高端化、绿色化发展。
6. 创新人才培养基地 依托武汉工程大学的人才优势及教育培训等方面的综合功能，，以产教融合作为高质量发展的突破口，为荆门全面振兴全方位振兴提供强有力的人才支撑和智力服务，更好的服务地方荆门经济高质量发展工作。
7. 中试与产业化服务基地 寻求适合荆门发展的新技术、新产业、新项目，积极对接优质创新资源项目，加速产业、技术、资本深度融合，促进各科研单位、项目企业在荆门落地生根、发展壮大，实现合作共赢，推动优势产业智能绿色发展，为荆门高质量发展注入新动能。
1．理事会 理事会是研究院的最高决策机构，设理事长1人、理事成员5人。理事会成员一般由建设双方共同组建，院长一般由合作高校指派资深专家担任，学校分管科研工作的副校长出任理事长，武汉工程大学科学技术发展院院长和拟选派荆门研究院的院长出任理事；主要职责是：决定研究院发展的战略方向；推动科学研究、成果转化、产业孵化、人才培养的政产学研密切结合，推动创新平台、创新要素和创新资源的开放共享；促进研究院的国际合作交流；制定和修订研究院理事会章程，审议研究院年度工作报告；协调、解决研究院发展过程中的其他重大问题。
2．院长 研究院设院长1人、副院长3人。院长由理事会聘任，代表研究院行使法人权利。主要负责研究院的研究方向、重点课题、人才引进等重要事项的决策。院长人选要具有较高学术声望、熟悉科研管理、研发水平高、组织协调能力强。院长根据工作需要，提名执行院长或副院长并报理事会聘任。副院长3人分别分管人才培养、科学研究和中试基地及产业孵化。研究院实行院长负责制，院长统筹研究院工作的开展，保障研究院人才培养、科研活动及产业孵化按照预设目标顺利进行。
3. 学术委员会 由校内外化工新材料研究领域具有较高威望和影响力的学者组成，主要负责评议研究院的工作计划审核、开放课题评审、研究方向指导、团队考核和研究成果评定等。
4. 管理服务平台 包括综合办公室、科研管理部、财务与资产管理部；主要负责研究院的日常行政事务、研究项目管理及研究院的财务管理工作，具体管理协调研究院各部门及建设运营，负责研究院绩效考核。
5. 创新科技研发中心 充分发挥武汉工程大学在化工新材料领域的科技实力和人才优势，设立石油化工研究室、绿色磷化研究室、生物医药研究室、新能源新材料研究室、化工装备与数字化研究室、分析检测中心，力争突破一批制约产业转型升级的关键核心技术，推动荆门市化工产业向高端化、绿色化发展。
6. 创新人才培养基地 依托武汉工程大学的人才优势及教育培训等方面的综合功能，，以产教融合作为高质量发展的突破口，为荆门全面振兴全方位振兴提供强有力的人才支撑和智力服务，更好的服务地方荆门经济高质量发展工作。
7. 中试与产业化服务基地 寻求适合荆门发展的新技术、新产业、新项目，积极对接优质创新资源项目，加速产业、技术、资本深度融合，促进各科研单位、项目企业在荆门落地生根、发展壮大，实现合作共赢，推动优势产业智能绿色发展，为荆门高质量发展注入新动能。
